Pek çok okurumuzun merak ettiği bir konuya değinmişsiniz. Windows 95 yüklü bir sistemde DOS modunu ayarlamak ile Başlat * Programlar * MS-DOS komutu ile açılan DOS penceresinin ayarlarını yapmak birbirlerinden tamamen farklıdır ve Windows 95 yardım konularında bu ayarlardan hemen hemen hiç bahsedilmemektedir. Dikkat edilecek ilk nokta, Windows 95’in boot ederken AUTOEXEC.BAT ve CONFIG.SYS dosyalarına ihtiyaç duymamasıdır. Himem.sys, Emm386.exe ve files= ayarlarını otomatik olarak yapar. Bunun yanında sisteminizdeki ek donanımları (ses kartı, CD-ROM sürücü gibi) ve 16 bit’lik Windows programlarını daha iyi desteklemek için eski boot ayarlarınızı (AUTOEXEC.BAT ve CONFIG.SYS) korur. Bu dosyalar sabit diskte AUTOEXEC.DOS ve CONFIG.DOS şeklinde dururlar.

Eğer eski DOS’unuza boot etmek için Windows 95’in Dual Boot özelliğini kullanıyorsanız, boot esnasında DOS seçeneğini tercih ettiğinizde Windows 95 kendisinin kullandığı AUTOEXEC.BAT ve CONFIG.SYS dosyalarının adlarını AUTOEXEC.W40 ve CONFIG.W40 olarak değiştirir, eski boot dosyaları olan AUTOEXEC.DOS ve CONFIG.DOS’u ise AUTOEXEC.BAT ve CONFIG.SYS haline getirerek boot esnasında sisteme kullandırır. Bu yüzden DOS modunda boot ederken kulanılacak olan ayarları değiştirmek için Windows 95 altında AUTOEXEC.DOS ve CONFIG.DOS dosyalarını düzenlemelisiniz. DOS modunda boot ettiğinizde ise ayarları yapmak için AUTOEXEC.BAT ve CONFIG.SYS dosyalarını kullanmalısınız.

Windows 95 altından açılan DOS modunun ayarlarının yapılması ise tamamen ayrı bir konu. DOS modunda çalışmak üzere ayarlanmış bir DOS programını Windows 95 altından çalıştırmak istediğinizde, Windows 95 çalışmakta olan bütün programları ve grafik arabirimini kapatıyor ve programı Windows 95 için olan AUTOEXEC.BAT ve CONFIG.SYS ayarlarını kullanarak açtığı bir DOS oturumunda çalıştırıyor. Eğer Windows 95 için ayarlanmış bir AUTOEXEC.BAT ve CONFIG.SYS varsa elbette. Bu aynen eskiden Windows 3.x kullanırken dertli bir DOS oyununu Windows’dan çıkıp DOS altında çalıştırıp, programı kapatıp tekrar Windows’u açmaya benziyor.

Ancak Windows 95 altında işler bu kadar basit halledilemiyor. Bir DOS programını çalıştırmadan önce Windows 95’i grafik kullanıcı arabirimini kapatmaya razı etmek için Programın simgesine sağ fare ile tıklayıp açılan menüden Özellikler komutunu çalıştırmak, ekrana gelecek olan diyalog kutusunun Program bölümüne gidip buradan Gelişmiş düğmesine basmak ve burada da "MS-DOS kipi" seçeneğini aktif hale getirmek gerekiyor.

Eğer aynı diyalog kutusunda "Yeni bir MS-DOS kipi Yapılandırması Belirt" seçeneğini kullanırsanız, Windows 95 programı çalıştırmak için aynı diyalog kutusunun hemen alt tarafında belirtilen AUTOEXEC.BAT ve CONFIG.SYS ayarlarını kullanarak bilgisayarı yeniden boot ediyor.

DOS modunda çalışan bir programa maksimum bellek vermek için Windows 95’in CONFIG.SYS dosyasında bir bellek yöneticisi (örneğin: EMM386.EXE) kullanmanızı tavsiye ediyoruz. Bu durumda yukarıda adı geçen diyalog kutusunda "Geçerli MS-DOS Yapılandırmasını Kullan" seçeneğini aktif hale getirmelisiniz. Windows 95’in AUTOEXEC.BAT ve CONFIG.SYS dosyalarını kullanmak istemiyorsanız "MS-DOS Kipi İçin CONFIG.SYS" yazan yere EMM386.EXE satırını eklemelisiniz. Bu durumda problemli DOS programınız çalışacaktır. Bu seçeneğin tek dezavantajı programı çalıştırmak için uzun bir süre beklemek gerektiğidir. Çünkü bu seçenek aktifken programı çalıştırmadan önce sizin ayarlamış olduğunuz AUTOEXEC.BAT ve CONFIG.SYS ayarlarının aktif olması için makinanın boot etmesini beklemek gerekmektedir.